Bogumin jest bardzo ważnym węzłem kolejowym. Przed 1847 r. na terenie dzisiejszego Nowego Bogumina (wcześniej Szonychla-Bogumina-Dworca) rozciągały się lasy bagienne. Dworzec miał pierwotnie stanąć w Boguminie-Mieście (dzisiejszym Starym Boguminie), tamtejsi mieszczanie jednak nie wyrazili na to zgody.

Po wybudowaniu Kolei Północnej Cesarza Ferdynanda z Lipnika nad Beczwą do Bogumina nastąpił dynamiczny rozwój miasta. Powstawały fabryki i domy mieszkalne. Pierwszy pociąg przyjechał tu 1.5.1847 r. W tym samym roku wybudowano pierwszy budynek dworcowy, w 1860 r. – kolejny. Na początku XX wieku przebudowano go w stylu neorenesansowym, wybudowano perony i zmodernizowano zaplecze. 18.3.1872 otwarto Cesarsko-Królewską Kolej Prywatną Koszycko-Bogumińską.

Bogumiński dworzec mocno ucierpiał pod koniec II wojny światowej w wyniku nalotów amerykańskich bombowców. To, co jeszcze pozostało, zniszczyły lub wywiozły wycofujące się oddziały niemieckie.

Po wojnie linię kolejową zelektryfikowano, pierwszy pociąg z lokomotywą elektryczną pojawił się tu 29.4.1963 r. W pierwszej połowie lat 90. ub. wieku budynki dworcowe zostały poddane remontowi kapitalnemu. Kolejna, na szeroką skalę zakrojona renowacja i modernizacja całego dworca zaczęła się w 2003 r. i trwała do grudnia 2005. Pochłonęła 2,6 mld koron. Wybudowano wtedy nowe perony, zmodernizowano zaplecze, wprowadzono elektroniczny system kontroli ruchu. Obecnie dworzec należy do najciekawszych obiektów w mieście i najpiękniejszych dworców w całej Republice Czeskiej.